イギリスパン、ドイツパン、フランスパンはあれど、ジャぱんはない。だから作るのじゃ！という漫画＆アニメが『焼きたて！！ジャぱん』。そしてその作品内容に憧れ、本当にパン職人になってしまった少年が弘見大作。しかしながら、パン職人の現実は厳しい。朝は早く起き夜は遅くまで働き、ジャぱんなどというパンが認められるわけでもない。そんな切ない日々を送る大作の元へ、現れた謎の美少女。彼女が大作の運命を変える！？

日本のパン、ジャぱんを作る！名作復活！前作、焼きたて！！ジャぱんの続編。
前作の漫画やアニメに影響を受けた少年が、この現実世界で、日本人による日本人のためのパン＝ジャぱん作りを目指す！

もともとゴハン党だった和馬は、6歳の時にパンの虜になった。その訳は、近所にあったパン屋さん「サンピエール」で、抜群においしいパンを食べたことにある。サンピエールの店主は、日本が世界に誇れる日本人のパン「ジャぱん」を創ることが夢だった。フランスパン、イギリスパン、ドイツパンなど、世界には自国の名を冠したパンが沢山が、日本にはない。そこで店主は、世界中に愛される日本のパンを創ろうとしていたのだ。フランスで修行を積んだ彼は、そのパンを故郷で創ろうとするが上手くいかず、東京に出ることにする。そしてまた和馬も、彼の意志を自分で実現させようとパン創りに夢中になったのだ。それから10年の月日が流れ、中学を卒業した和馬は、東京でも1、2を争う有名なベーカリーショップ「パンタジア」に採用され、大きな希望を胸に上京する