無口な高校生の宮本瞬は謎の組織“SNP研究所”に拉致され、超能力者をつくる施術を受けさせられる。
超能力を身につけた瞬は、何とか研究所から抜け出し、家族と離れ息をひそめて暮らしていた。
数年後、地下の格闘大会に出場した瞬は、かつて組織の施設内で出会った高誠と出会う。
高に導かれ雑居ビルの一室に足を踏み入れると、そこには同じように組織で超能力を身につけた仲間たちがいた。
そして瞬は妹が組織に監禁されている事実を知る。家族を救うため、瞬と6人の超能力者たちは立ち上がるのだった……。

SNP研究所との事件から数年。『能力者』たちは行方不明となった仲間、岡悟司を探し続けていた。
人智を超えた計算力『機械の心』の能力をもつ高誠は、探偵としてギリシャへ向かう。そこでは人に不思議な力を与えるという
コードネーム『金のリンゴ』が紛失し、国家情報局の人間が殺されていた。だが捜査をすすめる高は、新手の超能力者から命を狙われることになる……。