「2017年、人類は絶滅する。」人理継続保障機関“カルデア”によって観測されていた未来領域の消失が、この終末を証明した。2004年の日本の地方都市“冬木”にその原因が存在すると仮定したカルデアは、擬似霊子転移により、原因の特定と排除を試みる。この任に臨むのは、2人の少年少女。藤丸立香とマシュ・キリエライトの、人類史との孤独な戦いは、このようにして幕を上げた。