魔力を持つ土「光土」を使った魔術が発達した世界。ハルプ公立魔術学院に通う少年・ハジメはかつて若き天才と呼ばれていたが、今では自分の研究に固執してまともに授業も出ない有り様。同級生の少女・エリシャには呆れられつつも心配される日々を送っていた。そんな中、彼らは補修授業の学外研修を受けるために、近隣の都市であるエイヴロンを訪れることになる。だが、そこでハジメを待っていたのは、彼の目標である《ホムンクルス》の研究を巡る、異端魔術結社の暗躍だった……！

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