2019年世界は変わり、以前にはなかったゲート、モンスター、システム、プレイヤーのような概念が生まれた。
そこから5年間「侵略者」と「侵略を阻止する者」との戦いが世界各地で起きた。そして世界を絶望に陥れた地球エリア最後のボス「氷の女王」により、5人のプレイヤーの内4人は氷の像となってしまう。
唯一ダンジョンに残された人類最高のプレイヤー、ダークネスは、氷の女王を倒すが、女王の能力を吸収する過程で彼もまた氷の像となった。氷の女王を倒すと、長い眠りにつくという代価を払わなければならなかったのだ─
それから25年後…プレイヤーは目を覚ました。「2階が出現し、計10階だと？1階の氷の女王を倒したら終わりじゃなかったのか？｣この25年で人類が攻略できたのはたったの2階まで…。
伝説のプレイヤー「ダークネス」の名を捨て、新人プレイヤー伊坂圭として、仲間たちを救うため、彼は再びゲートに向かう！