ハンター「水篠旬」の活躍により平和になった世界。 激戦を繰り広げたハンターたちも異次元からの侵略者もゲートも全て忘れたまま、平穏な日々を送っていた。 そんなある日、警察署に次々と犯罪者たちが自首してきた。 「24時間以内に自首しなければ生きていることを後悔させてやる」 影の化け物にそう脅されたと言って怯える犯罪者たち。 「どうせ、幻覚でも見たんだろう」 彼らの話に耳を貸さない警官たちの中で、刑事である「犬飼晃」だけがどこか違和感を覚えていた。 そんな彼は事件の真相を単独で調べ始めるが、意外なところから一人の高校生にたどり着く……。 空前の大ヒットを記録した「俺だけレベルアップな件」の後日譚が今始まる。

十数年前、異次元と現世界を結ぶ通路“ゲート”というものが現れてからハンターと呼ばれる覚醒者たちが出現した。 ハンターはゲート内のダンジョンに潜むモンスターを倒し対価を得る人たちだ。しかし全てのハンターが強者とは限らない。 人類最弱兵器と呼ばれるE級ハンター「水篠 旬」 母親の病院代を稼ぐため嫌々ながらハンターを続けている。 ある日、D級ダンジョンに隠された高難易度の二重ダンジョンに遭遇した「旬」は死の直前に特別な能力を授かる。 「旬」にだけ見えるデイリークエストウィンドウ…！？ 「旬」ひとりだけが知ってるレベルアップの秘密… 毎日届くクエストをクリアし、モンスターを倒せばレベルアップする…！？ 果たして「旬」ひとりのレベルアップはどこまで続くのか――！！