都内にある私立学校「秋霖学園」の初等部に通う、小学6年生の主人公――九楼撫子。
比較的穏やかな学生生活を過ごしていたが、一時期から、彼女は毎日のように不思議な夢を見るようになる。
――それは暗く陰鬱な、赤と青に彩られた黒い空が覆う荒廃した世界の夢だった。
徐々に【現実】を侵食していく謎の数々。
それらに翻弄される撫子の前に現れたのは、なぜか【夢の世界】で会ったことのある人物だった。
どこか見覚えのある面影の【彼】との出会いによって、運命の歯車は廻りだす――。

主人公である雪村千鶴は連絡が取れなくなった父を心配し、京を訪れる。
そこで見たのは、血に飢える化け物を切り伏せる新選組の隊士だった――。
狂った時代の中で、理想と信念を胸に刃を振るう男達。幕府の争いの影で、新選組の闇の争いが始まる――。

名前も顔も知らない、主人公の『恋人』であるらしい『彼』との出会い。
誰を信用するべきか不明な状況で、相手に記憶喪失を悟られないよう行動する主人公。それにより物語は複雑に絡み合っていく。
『彼』との思い出を持たない主人公は、この日から新たな恋物語を紡ぐことになる――。

「――約束の時が来た。君との約束を。そして……千年の約束を今、ここに果たそう」
一迅の風が吹き、意識を失ってしまった彼女が再び目を覚ますと、彼女は“神様”と呼ばれる存在になっていた。
神社に祀られる神様となった彼女。
優しく。温かく。そして切ない、神の少女の恋物語。
――いざ、開かれん。

カトライア王国で暮らす主人公は、母親のような立派な猛獣使いになることを夢見ていた。
だが、芸を仕込めそうな猛獣と出会えず、落胆の日々。そんなある日、偶然4匹の動物が売りに出されているのを目にする。
4匹は突然人の言葉を話し出し、その正体はなんと、隣国ファザーンの王子さまだった!?
魔女の呪いにより、動物に姿を変えられてしまったと打ち明ける王子たち。
主人公は無事4人の呪いを解くことができるのか……!?

主人公の沙耶は小さな集落に住む十二歳の女の子。
ある日の朝、彼女の住まいを立派な一団が訪れた。
一団を率いていた若い男は彼女の前に恭しく跪き、こう言った。
「お迎えに参りました。お嬢様。」
今まで見たことのないような新しい世界、そして源義経の率いる郎党たちとの出会い。
やがて、日本全土を巻き込んだ「源平合戦」へ時代が移ることを、まだこの時、沙耶は知らなかった。