そして不滅の神域封剣（レグナーレ）

事故が原因で特殊な身体能力を得てしまった高校生、如月武琉は、退屈な現代社会を生きていた。けれどある日、気がつくとそこは魔力を増幅させるための装置としての“剣”が世の中を支配している異世界だった……。エリートだけが集められた学園を舞台に繰り広げられる学園バトル無双幻想曲、始動（イニシエート）！

魔力を増幅させるための装置としての剣が世の中を支配している異世界。そこでは貴重とされているヤマトの血脈を持つ如月武琉は、周囲の生徒達の注目を浴びながら、同じくヤマト民族の咲耶との同居生活を送っていた。ある日、ルシアのエリヴィラ、アーニャの二人に、自国に来ないかと誘われるが、武琉は咲耶のことを思って断ってしまう。そして、封剣学園全体で行われる武術大会、神剣刀争の予選が始まる。学科毎で行われる予選は熾烈なものだったが、それでも武琉は順調に課題を突破していく。だが、そこに襲撃者が現れて……。「勝てる気しかしねえよ」各国のエリート達が集い乱れる学園バトル無双幻想曲、第二幕！

日本の高校生、如月武琉は剣で魔力を増幅し戦う異世界へと召喚された。銭湯にピクニックにと咲耶たちとの騒がしい日常にも慣れ、神剣刀争でも無手での異能と偽剣《グラウィス》とを手に快進撃を続ける武琉は、ある日街での生徒襲撃事件を耳にする。“出所不明の偽剣”が気になる咲耶のため、武琉は調査に乗り出すが……。一方、中等部のロザリンドとの出会いが、神域封剣使いレナードとの立ち会い、そして本戦での仕組まれた再戦へと武琉を導く。陰謀渦巻く神霊浮遊都市で目立ちすぎた武琉は遂に粉砕すべき悪と対峙する――。血脈が奏でる無双幻想曲、第三幕！

神域封剣使いの一人に勝利した武琉。しかし、直後から咲耶が余所余所しい態度を見せ始め、武琉自身の体調も思わしくない。心配したノエルの提案で皆で向かうことになったのは――水着の楽園だった！　そこで武琉はノエルの友人にしてゲルツ随一の才女、アウレーリアに自身の異変の原因を示唆される。ヤマトの存亡を賭けた決勝戦が迫る中、歴史に名を刻むテロ組織《人類救済会議》と一人のイングランス人の影が見え隠れする。呪われし神域封剣《地霊剣フルンティング》を操る男・フェリックスの描く悪夢は、武琉不在の咲耶たちを絶望へと追い詰めていく。過去との向き合いの中で武琉がくだす決断とは――！？　血脈が奏でる無双幻想曲、第四幕！

武琉に粉砕されたかに見えた人類救済会議の隠謀は、理事長の計画の一手に過ぎなかった。閉鎖されるエーテルフロート。集められる神域封剣使いたち。武琉は世界の滅亡を止めることが出来るのか！？