幼い頃に両親を飛行機事故で亡くしたマサトは、辺鄙な村に住む祖父と二人で暮らしていた。だが、十歳になったある日、そろそろ学校に通うべきだと、町の養護院に入れられることになる。最初は寂しさと戸惑いを感じていたが、施設でも学校でも一緒のアキラや、クラスで同じ班になったミキやシンジと心を通わせ、しだいに新しい生活にも慣れていった。そんな中、マサトたちが生き物係として掃除をしていた飼育小屋で、事件は起こる。可愛がっていた妊娠ウサギが他のウサギたちに惨殺されたのだ。警察や保健所はウサギが「何かの病気に感染した」と発表した。だがマサトは見ていた。死んだはずの妊娠ウサギが蘇り、仲間に復讐する姿を。それがただの病気などではないことを。しかし、その怪事件はこれから起こる悲劇の前触れにすぎなかった。そしてその悲劇すらも、絶望的な破滅の序曲でしかないのだが……。
幼年期、少年期、青年期……死に侵された国の狂気と悲しみが主人公の成長とともに語られる、空前の暗黒ヒューマンドラマ！