2010年、秋。

都内にある私立学校「秋霖学園」（しゅうりんがくえん）の初等部に通う、小学6年生の主人公――九楼撫子（くろうなでしこ）。
幼馴染の理一郎と共に比較的穏やかな学生生活を過ごしていたが、一時期から、彼女は毎日のように不思議な夢を見るようになる。
――それは暗く陰鬱な、赤と青に彩られた黒い空が覆う荒廃した世界の夢だった。

そんなある日、撫子と理一郎は新任教師・神賀旭（かがあきら）に呼び出される。
同じく教室に呼び出されたのは、他のクラスで問題児と噂される生徒や下級生を含め、計6名。
そこで先生が告げたのは「問題児である君たちに、課題を与えます」という言葉だった。

即席の仲間達と共に、先生に与えられた【課題】をこなさなければならないことになったメンバー。
四苦八苦しながらも充実した学生生活を送る裏で、徐々に【現実】を侵食していく謎の数々。

そして、それらに翻弄される撫子の前に現れたのは、なぜか【夢の世界】で会ったことのある人物だった。


どこか見覚えのある面影の【彼】との出会いによって、運命の歯車は廻りだす――。


「【絵ノベル】CLOCK ZERO 〜終焉の一秒〜」のストーリーは「加納理一郎」「英円」「西園寺寅之助」「時田終夜」「海棠鷹斗」の五人の物語に分かれており、基本的に各編全て独立した作品として楽しむことが出来ます。
どのルートから読んでいただいても構いませんが、「CLOCK ZERO〜終焉の一秒〜　海棠鷹斗」のみ作品全体の構成上、他の作品をお楽しみいただいてから読まれることをお勧めします。

※こちらはPSPで発売されたゲーム版のシナリオを書籍化したものであり、選択肢などは入らず、キャラ一人ごとのシナリオのみの収録となります。