男と女。それにアルファとベータとオメガ。この世には6通りの性がある。

学生会長の「知内 環」（シリウチ メグル）と副会長の「北斗 琉生」（ホクト ルイ）は、生まれながらのエリートであるアルファ同士のカップルとして、発情期があり希少種扱いされているオメガ、そして「その他大勢」の一般的なベータで占められる学生たちからカリスマ扱いされていた。

そんなある日、優秀な成績を収めた学生には学生会から特別なご褒美がもらえることを知ったヤンキー学生「松前 蒼士」（マツマエ ソウジ）は、幼い頃に告白してフラれた環に想いを伝えるため、学生トップの成績を出し、環と琉生の待つ学生会室に招き入れられるが……？

「俺がめぐの運命になりたい」

想いの強さは境遇の差を乗り越えられるのか！？　奇才・げぱんが描くオメガバースの幕が上がる！