アンドロイドの少年セイルには、母親の子供が三歳までのデータが移されており、感情を持ったセイルは母親とふたり、本当の親子のように暮らしていた。幸せな日常に突如現れたノッカーズ集団「ペンドラゴン」により母を奪われてしまう。母を取り戻すため、セイルは戦うことを決意する……!
戸隠まどかは身体の中に魔物を召還する扉を持つ小学生。悪魔たちがその身を狙う、生きた魔法の道具兼召喚門の少年。しかし、当の本人はその事実をまだ知らない…。そんな彼のクラスにデンジャラスな雰囲気を持つ転校生がやって来た。笛烈一郎、セクシーでナイスバディな二人の美女や、コワモテの男達を従える謎多き少年。訳あって転校を繰り返しているらしい。やがてまどかは一郎の驚くべき正体を知ることとなる…。