忍びの世界で「倭神天の書」は天下を統べる価値のある巻物。猿飛佐助に握られた「倭神天の書」を服部半蔵正成は何とか奪還しようと目論む。
時は昭和62年7月、猿飛家第21代の忍美を母として、青葉台小学校5年生の忍太は修行に忍術に励んでいた。そして時を超えて、佐助は忍太の中に潜んで「倭神天の書」を所有していた。そこに半蔵は息子の和正やアメリカのくノ一ローラを刺客として送り込むが、二人とも敵わないだけでなく、忍太と仲良くなってしまう。
忍太のピンチとなると、佐助が姿を現すことを知った半蔵は、白雲斎など強敵を現代に送り込む。それでも書物を取り返せない半蔵に業を煮やして、魔幻一族が猿飛一行を魔幻界に誘い込む。忍太たちは幻影城で幻妖居士と対決するが、そこで「倭神の書」は一の書、二の書があることが明らかになる。忍太は二の書が同級生の中林明葉の許にあることを夢で知る。