第一部・桔梗の巻▼第1話／第1章・妖術［プロローグ］▼第2話／怪人暗夜軒▼第3話／妖術（丑三）▼第4話／第2章・謎の群・真田の忍者▼第5話／謎の群▼第6話／真田剣流▼第7話／真田屋敷▼第8話／第3章・死の影・剣光▼第9話／割散▼第10話／猿風▼第11話／死の影▼第12話／第4章・密宗・風魔▼第13話／流光▼第14話／密宗▼第15話／丑の刻▼第16話／風穴▼第17話／茨木。第二部・丑三の巻（一）▼第18話／第1章・小法師▼第19話／第2章・夜鷹▼第20話／第3章・死の商人▼解説／副田義也

●登場人物／桔梗（大和高原の一角に暮らす少女）。暗夜軒（丑三の術を操る謎の怪人）。油屋の妖蔵（油屋稼業の裏で人身売買や武器の売買も行う商人。丑三の書を狙う）。岩波乱童（桔梗の祖父。岩波流銃術の使い手）。

●あらすじ／慶長年間、大和高原の一角の大自然の中で祖父の岩波乱童と暮らす娘・桔梗は、暗夜軒の一味に囲まれていた剣士の助けに入るが、逆に危機に陥ってしまったところを祖父に助けられる。暗夜軒は丑三の術で乱童の命を奪うといい残して消えていく。翌日から乱童の身の回りに不気味な人形が現れるようになり、乱童は高熱を発し、桔梗に一本の巻物を託して死んでしまう（第1話）。▼秘密の実験を見てしまった桔梗は、忍者に殺されかける。そこに金色の鳥が現れて桔梗を連れて飛び去っていくが、巻物を落としていってしまう。河原で意識を回復した桔梗は、巻物がないことに気づく……（第2話）。

●その他の登場キャラクター／猿飛、霧隠、穴山小助（真田の忍者）。武蔵（剣術の修行のため放浪している。後に二刀流に開眼）。南海坊天海（家康の参謀役の怪僧。暗夜軒を操る）。服部半蔵（公儀隠密団の首領）。太郎（風魔の一族の忍者）。