とある暗部の少女共棲

『超能力』が“一般科学”として認知された『学園都市』。その平和の裏には表沙汰にできない任務を請け負う『暗部』組織が存在する。 『アイテム』――四人の少女で構成される精鋭部隊だ。能力者が発する微弱な力を読み取り追跡ができる滝壺理后。爆発物やトラップを用いた戦闘が得意なフレンダ＝セイヴェルン。窒素を自在に操り防御を担う絹旗最愛。そして学園都市が誇る七人の超能力者の一角、麦野沈利。学園都市の暗闇を自由に生きる彼女たちが、静かに標的に狙いを定める――！「ブ・チ・コ・ロ・シ・か・く・て・い・ね」　これは、やがて「凄惨な事件」へと至る少女たちの、出会いと友情と暗闇の物語。

正式に4人となったアイテムに新たな仕事が舞い込む。　標的はネット上で暗躍する美人結婚詐欺師『ハニークイーン』。能力開発の機密にも手を伸ばしており、『原子崩し』の能力開発スタッフにも被害が出ていた。暗部の流儀としてナメられたままではいられない。麦野は依頼を引き受けることに。　依頼を受けたその時、突如としてアイテムのアジトに敵襲が！　初撃を対処するも攻撃の手は緩まず、敵に誘導されているような違和感が麦野たちを襲う。　そして、追い詰められたアイテムの前に現れたのは、『暗部』中でも異端すぎて研究機関を追い出された、元『原子崩し』主任研究者で――。

夏の終わり、アジトを爆破されて家出少女となったアイテム。新たな仕事を受けるも「正義の味方」を名乗る競合相手に手柄を奪われてしまう。そんな中、麦野のもとに「表の学校」の友人から連絡が……。

秋が始まる新学期、フレンダ＝セイヴェルンが目覚めると、そこは新宿駅のホームだった。武器となるお手製の爆弾なども奪われており、何らかの事件性はあるものの、フレンダ本人には何が何やら事情が一切分からない。　だが、学園都市には『壁』を無断で越えてはいけないという鉄の掟が存在する。学園都市の裏の裏まで知り尽くした『暗部』の人間ならなおさらだ。ルールを破る者には必ず罰が下る。その役を担うのが麦野たち『アイテム』なのだが……。
学園都市第四位の超能力者を擁する『アイテム』の猛威が、フレンダ自身に牙をむく！？

大覇星祭。学園都市の全学校が合同で行う超大規模な体育祭だ。数少ない一般開放の機会でもあり、多くの人でにぎわう、学園都市一大イベントでもある。
だが、クソッタレ『暗部』にはイベントだろうと関係なく、仕事が舞い込んでくる。大覇星祭に参加する選手をドーピング検査する対策担当の不自然な自殺に関する調査だ。
妹のフレメアの晴れ舞台を余すところなく堪能したいフレンダや、表の明るいイベント時空に、アイテムの面々は仕事へのモチベーションが上がらない中、いつも無気力なジャージ少女・滝壺理后だけが、なぜか張り切っており……！？

とある秋のオフの日。アイテムの4人は立ち寄った銀行で銀行強盗に巻き込まれていた。『暗部』の人間として、ケンカを売られたも同然の状況に怒り心頭の麦野だが、絹旗は偶然気づいてしまう。強盗犯が、誰かに脅されて犯行をやらざるを得ない一般人であることを。　知ってしまった以上は、一般人に手を出すわけにはいかない。だがスイッチの入った麦野はもう止まらない。一瞬のスキをつき、思わず強盗犯の少女と銀行を抜け出した絹旗だが、これは麦野に対する立派な裏切りになってしまうのでは！？
絹旗最愛の決して失敗できないミッション（物理的に命の危機アリ）が今、始まる……！

月の綺麗な秋の夜半。アイテムの面々は抹殺の依頼を受けていた。のっぴきならない事情でフレンダが不在、かつ今回は早いもの勝ちの特殊な任務。幾多の障害を乗り越え、対象のもとにたどり着いたアイテムだが、標的が突如として爆発してしまう。　横槍の犯人はフレンダ推しの『学園都市の爆弾魔』と自称し、今後もアイテムに対してしつこく粘着することを宣言していた。アイテムにかかる火の粉を振り払うために、偽者爆弾魔を退治せよ！　一方、学園都市の外でも、当主率いる麦野本家と北米の犯罪組織の抗争が始まる。　そして、あの華野超美も静かに暗躍を始めて……？